Sinceramente, depende muito qual é o proposito. Se pretende tirar certificação é melhor ir pelas recomendadas. Para LPI teoricamente qualquer distribuição deveria servir, por se tratar de uma prova que respeita o LSB (Linux Standard Base). Mas na maioria dos treinamentos por aí você acaba usando Debian. Para certificações da Red Hat e SuSE, use as respectivas. Elas são encontradas em Data Centers e pequenas empresas que prestam serviços. Agora, se pretende aprender a configurar quase tudo na mão, use Slackware. Se quer aprender a fazer tunning de compilação, recomendo a Gentoo. É bom aprender a usar o Ubuntu também, não só por ser uma mainstream, mas por ter algumas melhorias em relação as outras. Para dispositivos portáteis (minilaptops/tablets/etc), recomendo dar uma olhada em um Ubuntu+Moblin.
Referências:
http://www.linuxfoundation.org/en/LSB
http://www.lpibrasil.com.br/
https://www.redhat.com/training/
http://www.novell.com/training/
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